A Igreja da Misericórdia é um templo de traça renascentista, a primeira fase da sua construção data de inícios do século XVII, e tal como o Templo do Senhor do Bom Jesus recebeu a honra de ostentar as Armas Reais Portuguesas.
Consiste numa estrutura de uma só nave, com uma torre sineira adossada na fachada poente. Sobre a porta e sobre a fachada principal os frontões marcam o ritmo e a ornamentação deste templo, em que o branco das paredes contrasta com os granitos dos ângulos e das molduras das portas e janelas. No interior, a única nave da igreja conduz o olhar do visitante para o altar-mor, numa cabeceira de planta retangular e cobertura em abóbada de madeira. A talha dourada pontua nos locais costumeiros. Note-se a decoração do arco triunfante e dos pequenos nichos que o ladeiam.
Invocando a Nossa Senhora da Misericórdia, Mãe de Cristo, como a grande protetora e padroeira devocional das Igrejas da Misericórdia, que acolhe e protege os mais infortunados, abandonados e carentes de cuidados, a iconografia é a máxima expressão da proteção dada pela Virgem: sob o seu manto, aberto e acolhedor, estão todos os desprotegidos. Corresponde esta invocação aos fins próprios da Instituição da qual é tutelar: as misericórdias, surgidas com D. Leonor no final do século XV, que se propõem cumprir as 14 obras de misericórdia. Nesta Igreja esta invocação é representada em diversas imagens da sua padroeira, entre elas numa tela da capela-mor atribuída ao pintor de Braga, António Monteiro, e que foi colocada a 08 de dezembro de 1749. Destaca-se, ainda, a ladear a capela-mor, Nossa Senhora do Ó (Senhora da Expectação), advogada das parturientes e Nossa Senhora do Leite Maria Lactans, ambas símbolos da iconografia mariana mais antiga em Portugal.
Sendo talvez o monumento religioso fangueiro de maior impacto, e aquele que conservará, ainda, grande parte da sua traça original, o seu edifício contíguo, com o qual comunica interiormente e onde outrora funcionou o seu primeiro Hospital, sofreu recentemente uma adaptação para funções museológicas, de modo a que esta Instituição secular pudesse dar a conhecer à comunidade um pouco da sua história e do seu património de arte sacra.
